Às vésperas da última eleição realizada pelo Clube dos 13, em 2004, a entidade também enfrentou uma crise política entre seus membros. Diferentemente de agora, em que o problema está no estatuto e no poder dado aos clubes ?menores?, a discussão na época foi referente às cotas de televisão pagas pela Globo. Meses antes do pleito que definiu o nome de Fábio Koff como presidente, São Paulo e Flamengo ameaçaram deixar a entidade. Os dois clubes preiteavam um aumento no valor que ambos deveriam receber dos direitos de transmissão. No fim do imbróglio, quem saiu fortalecido foi o Santos. O clube paulista ganhou uma divisão própria, situada entre o primeiro e o segundo escalão, e passou a receber R$ 18 milhões.
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